Det oprindelige fund
Betydelige dele af Hjortspringbåden og af våbnene blev opdaget ved tørvegravning omkring 1880, uden at det kom til arkæologernes kendskab.
I 1915 var Jens Raben, der stiftede museet på Sønderborg Slot, indlagt på Sønderborg sygehus. Her fortalte en medpatient hvad de mange år inden havde opdaget under tørvegravningen.
Jens Raben holdt denne viden for sig selv til efter genforeningen, hvorved han sikrede at fundet kom på danske hænder. Dermed undgik den formentlig samme skæbne som Nydambåden, der blev ført til Flensborg efter 1864. Den er ikke kommet retur.
Som nævnt blev fundet først i 1920 kendt på Nationalmuseet og stedet besigtiget.
I 1921-22 gennemførte konservator Gustav Rosenberg for museet en totalundersøgelse af den lille mose på ca. 45 x 50 m – 42 m over havet og 3–4 km fra kysten.
Fundet bekræftes 1921
Ved 1921-undersøgelsen optog Rosenberg fundets store mængder af våben af jern og ben samt skjolde og andet udstyr af træ. På grund af træets bløde tilstand måtte såvel frilægning som transport af fundene til museet i København foregå med stor forsigtighed. I 1922 koncentreredes arbejdet om båden, der var stærkt beskadiget ved tørvegravning, men hvoraf der dog var bevaret betydelige partier over en længde på ca. 14 m med dele af begge stævne, orienteret nord-syd. Udgravningen afsluttedes i september 1922.
En efterundersøgelse i 1987 kunne bekræfte, at mosen var totalundersøgt. Ved den lejlighed blev der til datering optaget enkelte løse brudstykker af spydstager og af et af bådens ribbestativer .
Hjortspringbåden er i dag udstillet på Nationalmuseet i København, hvor de skrøbelige fragmenter af båden er monteret på et metalstativ, som viser den slanke båds oprindelige form.